Точная дата постройки часовни на острове не известна. Существуют разные версии, но наиболее правдоподобные относят её строительство к 9-10 векам. Как бы там ни было, но на её территории найдены захоронения, датируемые 9-м и 12-м веками. Также рукописи гласят, что в 1053 году она была подарена доном Иньиго Лопес, Сеньором Бискаи, монастырю Сан-Хуан-де-ла-Пенья в Уэска. Позже часовня отошла к ордену тамплиеров и преобразована в скит. В 1593 году остров был атакован и скит разграблен знаменитым пиратом Фрэнсисом Дрейком. Благодаря своему важному стратегическому расположению, остров неоднократно становился участником и других исторических сражений. В 1334 году здесь состоялось сражение между Сеньором Бискаи Доном Хуаном Нуньес де Лара с королем могущественной Кастилии Альфонсо XI. В 1594 году остров был атакован гугенотами из Ла-Рошель, которые убили сторожа скита. В 18 веке он подвергался нападению со стороны английских войск.

Из других инциндентов также известно, что скит несколько раз горел, последний большой пожар случился в 1978 году. Но уже спустя 2 года, на день Святого Хуана (Иоана) Крестителя, 24 июня 1980 года скит вновь был открыт. Легенды гласят, что во времена темного средневековья и расцвета инквизиции в темницах и гротах острова было загублено не мало светлых и непокорных власти душ. Ну а одна из самых древних легенд гласит, что когда Иоан Креститель (Сан Хуан), высадился в Бермео, преследуя Дьявола, он в 3 шага достиг его на острове Гастелугаче. Один из отпечатков его ноги и по сей день сохранен на последней ступени лестницы, ведущей к скиту.

Представьте себе пустынное океанское побережье, волны, с громыханием разбивающиеся об одинокую скалу, и большие камни, вздымающиеся над разбушевавшейся стихией. На вершине скалы еле-еле бросается в глаза крохотная церквушка, присмотревшись к которой, можно заметить огромное количество ступеней, ведущих прямо к ней, наверх. Получилось все это вообразить? Это и есть настоящее сокровище испанской природы — Сан-Хуан-де-Гастелугаче.

Колокол часовни предупреждал моряков о надвигающейся буре, а внутри нее, около статуи Христа, располагались многочисленные подношения в благодарность за чудесное спасение в каком-нибудь кораблекрушении. Таким образом, Сан Хуан стал местом паломничества всех надеющихся на свершение чуда. О скалах, окружающих его, рассказывают сотни легенд. Известно, что в пещерах под часовней были заточены люди, которых Инквизиция обвиняла в колдовстве. Сан Хуан имеет свое притягательное очарование, особенно когда его окружает легкое облако, и по праву считается одним из самых красивых мест всего баскского побережья.