Нгоронгоро уникален, так как за долгие годы существования в нем образовалась своя особая среда обитания для многочисленных видов животных, которые не могут выбраться за пределы кратера. В кратере обитают более 25 тысяч животных, в Нгоронгоро наблюдается самая высокая во всей Африке плотность хищников. Особенно часто на территории кратера встречаются зебры, различные виды антилоп, таких как газели, гну и канны, а также буйволы. На них охотятся леопарды и прайды львов, живущие в кратере.

Помимо крупных травоядных и охотящихся на них хищников, в Нгоронгоро обитают также слоны, черные носороги и необычные для данных широт бегемоты. Большие потоки мигрирующих из Серенгети животных также часто проходят через территорию Нгоронгоро.