Ныне озеро Титикака находится в трех десятках километров от Пума-Пунку. Соответственно, это привело к версии о сильном обмелении озера, которое ранее будто бы доходило до Тиаунако. Однако во второй половине ХХ века в результате подводных исследований на дне Титикаки были обнаружены остатки древних сооружений, что требовало уже не уменьшения, а увеличения глубины озера со временем. Складывалось явное противоречие, разрешить которое пытались гипотезой о периодических колебаниях уровня воды в Титикаке с довольно большим размахом по амплитуде.