Вода поступает через одно отверстие, и наполняет жаберный мешок, затем через щели попадает в пространство (клоаку), которое как сообщающийся сосуд имеет выход к другому отверстию — кишечному каналу, находящемуся снизу жаберного мешка. Образующая завитки кишка также открывается в клоаке. Есть у асцидий и сердце, расположенное сзади кишки.

Все асцидии гермафродиты, но яйца, сбрасываемые прямо в воду, получают коллективное оплодотворение. Яйца, выводятся через клоаку, а зародыши уже в воде претерпевают метаморфозы. Сначала вылупившиеся личинки отправляются в свободное плавание, пока не отыщут место, где осесть до конца жизни.